Американские молекулярные биологи представили компьютерную симуляцию, на которой показано взаимодействие капсида (внешней белковой оболочки) вируса иммунодефицита человека с окружающей средой. В ролике, доступном на сайте Иллинойсского университета в Урбане-Шампейне (США), показаны желтые и синие частицы — входящие и выходящие из капсида ионы — внутри вируса.
ВИЧ показали на видео
Обращаем ваше внимание, что статье более пяти лет и она находится в нашем архиве. Мы не несем ответственности за содержание архивов, таким образом, может оказаться необходимым ознакомиться и с более новыми источниками.
Отрицательные ионы, как показало моделирование, о котором сообщается в журнале Nature Communications, накапливаются на положительно заряженной поверхности внутри капсида, тогда как положительные располагаются снаружи. Именно последние притягивают отрицательно заряженные нуклеотиды, из которых состоит ДНК клетки, в которую внедряется ВИЧ.
При определенном значении разности потенциалов возможен разрыв стенки капсида. Данную уязвимость ВИЧ ученые планируют использовать для профилактики и лечения ВИЧ-инфекции.
Компьютерная модель капсида включает в себя 64 миллиона атомов. Симуляция создана с использованием методов молекулярной динамики. Необходимые расчеты проводились в течение двух лет на суперкомпьютерах Titan и Blue Waters.