Редакция "Медузы" расположена в Риге. В реестр СМИ, выполняющих функции иностранного агента, была внесена компания SIA Medusa Project, зарегистрированная в Латвии. После этого от сотрудничества с изданием отказались многие рекламодатели, доходы резко упали, компания была вынуждена существенно сократить расходы, отказалась от офисов в Риге и Москве, и обратилась за финансовой поддержкой к своим читателям.
Ионов в своей жалобе отметил, что издание "финансируется на гранты как минимум двумя" иностранными некоммерческими организациями: Шведским агентством международного развития (SIDA) и благотворительным фондом OAK Foundation. Также он добавил, что "Медуза" получила от латвийского агентства инвестиций и развития (LIAA) грант в размере более 70 тысяч евро за создание материалов о туризме в Латвии.
О том, что причиной признания "Медузы" "иностранным агентом" стала жалоба Ионова, в своем Telegram-канале сообщила координатор "Правозащиты Открытки" Анастасия Буракова.
Как рассказал Ионов Русской службе BBC, сейчас он занимается двумя направлениями - правозащитой и коммерческой деятельностью. По данным системы "СПАРК-Интерфакс", ему принадлежит лоббистская компания Ionov Transcontinental.