Если страна-участник ЕС не может вовремя использовать софинансирование, то Европейская комиссия имеет право отозвать деньги. В то же время, по договоренности сторон соглашения о финансировании можно изменять, в том числе продлевать сроки выполнения работ или разделять работы на составные части. Министерства и координатор проекта – находящееся в Латвии предприятие RB Rail AS (RBR) – уже подали ходатайства о продлении срока реализации соглашений о финансировании.
Прогноз стоимости работ по проекту Rail Baltica, находящихся в зоне ответственности эстонского государства, возрос на 31,7 млн евро, т.е. на 13,9 процента по сравнению с бюджетом, зафиксированным в заключенных с ЕС трех соглашениях о финансировании. Например, согласно прогнозу, первый этап строительства пересечений железной дороги с другими объектами инфраструктуры дороже указанного в соглашении о финансировании на 20,5 млн евро, также прогнозируется увеличение стоимости строительства терминалов в Пярну и Юлемисте.
Европейская комиссия финансирует работы по проекту в пределах зафиксированного в соглашениях о финансировании бюджета, а все превышающие бюджет расходы страны-члены проекта должны нести сами. Удорожание было обусловлено, в числе прочего, уточнением прогнозов по стоимости. В то же время, в части крупных проектов увеличение стоимости и продление сроков реализации является, скорее, обычной практикой.
По оценке госконтроля, финансирование сооружения железной дороги Rail Baltica до его завершения не было продумано. Финансирование реализации проекта Rail Baltica через Фонд объединения Европы осуществляется по действиям на основании ходатайств в различные бюджетные периоды ЕС. Поэтому нет уверенности в том, в каком объеме и с какой степенью поддержки можно получить софинансирование ЕС для завершения строительства железной дороги.