Из-за разногласий с руководством Одесской киностудии некоторое время работала на «Ленфильме», где в 1978 году сняла картину «Познавая белый свет».
Среди работ Муратовой - «Долгие проводы» (1971, фильм вышел на экраны только в 1987 году, тогда же получил призы на кинофестивалях в Тбилиси и Локарно), «Перемена участи» (1987), «Астенический синдром» (1989, награда на 40-м Берлинском фестивале, премии «Ника» и «Созвездие»).
Картина Муратовой «Настройщик» (2004) была удостоена трех премий «Ника», а в 2005 году - главного приза «Золотая лилия» на 5-м Международном кинофестивале Центрально- и Восточноевропейских фильмов в немецком Висбадене, трех наград Международного кинофестиваля «Евразия» (Алма-Ата, Казахстан).
Лента «Мелодия для шарманки» (2009) признана лучшей картиной года на фестивале «Киношок-2009», получила приз за лучшую женскую роль (Елена Косюк) на 31-м Московском международном кинофестивале, премии «Ника». «Вечное возвращение» (2012) - премии «Ника» и премии Гильдии киноведов и кинокритиков России «Белый слон», напоминает ТАСС.
Ко многим фильмам Кира Муратова сама писала сценарии. Снималась в картинах «Опасные гастроли» Георгия Юнгвальд-Хилькевича (1969), «Сад желаний» Али Хамраева (1987), документальном фильме «Посторонний» Владимира Климова (1993).
Кира Муратова жила в Одессе.